sqliteにて「Error: database disk image is malformed」が表示されたときの対処方法です。
結論としては「dumpし新しいDBを作成する」ということになります。
リンク
実際に行ってみたときの記録です。
# Error: database disk image is malformed が表示されて、Update/Insertできない
# my.sqbが破損したファイル(DB)
# dumpして新しいDBを作成します。
sqlite3 ./my.sqb .dump | sqlite3 ./my.sqb.new
# ファイル名を変更し、同じ名前で新しいDBを作ります。
mv ./my.sqb ./my.sqb.old
mv ./my.sqb.new ./my.sqb
参考にさせていただきました。有難うございます